Durant l'Antiquité et jusqu’à la période moderne, les hommes et les marchandises voyageaient surtout par l’eau.

Dès le VIème siècle av. J.-C., de nombreux ports ou comptoirs sont établis sur le littoral méditerranéen, en Catalogne et au sud de la Gaule par des Phéniciens, des Etrusques et des Grecs. Marseille Nice, Antibes, Béziers et Agde furent fondées à cette époque par des colons phocéens (aujourd’hui en Turquie). Les comptoirs associés à ces villes permettaient les échanges commerciaux avec l’Est méditerranéen.

Avec l'arrivée des Romains en Narbonnaise à la fin du IIème siècle av. J.-C., des cités romaines voient le jour sur une grande voie terrestre – la Via Domitia (Voie domitienne) – qui relie commercialement Rome à ses colonies. Le commerce à l'intérieur des terres se développe alors, mettant en conccurence les nouvelles cités romaines (Portus Veneris, Narbo Martius, Baetiris, Nemausus, Arelate) aux comptoirs grecs (Agathè, Massalia, Antipolis, Nikaia et Monoikos).

Les collections de ce département évoquent le commerce maritime (amphores, vaisselle sigillée), la cité grecque et le bateau antique (architecture navale, ancres, vie à bord), le transport des œuvres d’art (dont l’emblema de mosaïque romain). Les nombreux vestiges trouvés dans les eaux du bassin antique de navigation d’Agde témoignent de l’intensité et de l’importance des échanges commerciaux avec les pays de tout le pourtour méditerranéen.